Apparition du village
Il apparaît donc pour la première fois dans un document daté de 885 sous la forme "Bolcharia". On en a une autre trace en 948 sous le nom de Bolcaria, puis en 1198 (ou en 1199) eut lieu un évènement tragique, le rançonnage du curé de Bolquère par Arnaud de Castellbo à hauteur de 100 sous. Cet évènement nous apprend surtout que Bolquère était toujours une paroisse prospère puisqu'elle accueillait un curé disposant d'une telle somme.
Ce lieu possédait un château appartenant au comte de Foix, château qu'il avait fait construire lui-même semble t-il. Sa première trace date de 1233 et était à la place de l'actuelle église puisque cette dernière a son clocher bâti sur les fondations de la tour du château. En 1355 eut lieu un fogatge (recensement) de la population de Cerdagne et du Roussillon. Il fit appraître un total de 9 feux, soit approximativement 70 personnes. A partir du XVe siècle, le village passa sous le contrôle de la famille Mercader-Porcell originaire de Puigcerda.
Les deux évènements suivants datent de 1659 et 1666. en 1659 fut signé le traité des Pyrénées, c'est cet accord entre la France et l'Espagne qui permit à 33 villes de Cerdagne d'entrer dans le giron de la France, fixant une frontière le long des plus hauts pics pyrénéens et envoyant le village en France (A noter l'anecdote de Llivia, actuelle enclave espagnole qui ne fut pas pris dans les 33 villes, à l'époque). Puis en 1666, soit seulement 7 ans plus tard, la famille Mercader-Porcell cédèrent Bolquère à la communauté religieuse de leur ville qui en restera propriétaire jusqu'à la Révolution.
Depuis la révolution française
Puis arriva la guerre de 1793. Cette guerre, bien connue dans la région mais peu au niveau national, confronta les armées françaises et espagnoles. Ce sont les espagnols qui attaquèrent une république nouvellement déclarée et encore peu structurée. Ils prirent tout le versant Sud des Pyrénées mais restèrent au Sud de la plaine du Roussillon, perdant une bataille décisive à Peyrestortes, ce qui engagea la contre-attaque. En Cerdagne eut lieu une autre bataille, celle du col de la Perche. Face à l'avancée espagnole les habitants de Bolquère cédèrent deux des trois cloche de l'église du village afin qu'elles soient fondues et transformées en canons, ce qui fut fait. Depuis ces deux cloches ne furent jamais refondues.
En 1866 fut signé un autre traité entre la France et l'Espagne, un traité amical cette fois. Il visait à préciser la frontière et les usages entre les deux pays, en indiquant des spécificités propres à l'enclave de Llivia. Ainsi voit-on qu'à cette époque les habitants de Llivia disposait d'une propriété à Bolquère, mais ne pouvait pas s'y rendre facilement. Ce traité aborda le sujet du transport des billes de bois, dans l'article XXIV :
"Article XXIV. Les habitants de Llivia auront le passage par le chemin de la Mola qui aboutit à l'étang de Pradeille, pour l'exploitation, dans leur propriété du Bac de Bolquère, du bois qui peut être porté au moyen de bêtes de somme; mais comme ce chemin n'est pas propre au transport du bois de forte dimension, Llivia conservera, à cet effet, l'usage du chemin dit du Coll Pau, lequel passe à Estavar, à Egal et à travers la forêt domaniale de la Calme pour arriver audit Bac de Bolquère. Dans le cas où, pour des motifs quelconques, l'Administration française aurait besoin d'intercepter ce chemin, elle se concerterait avec l'Administration espagnole pour fournir à Llivia un passage convenable."
Le 28 mai 1911 eut lieu l'inauguration de la ligne de chemin de fer Bolquère-Eyne, désenclavant significativement la Cerdagne et, dans le cas de Bolquère, ses habitants. Si de nos jours l'intérêt du train s'est amoindri, il faut bien avoir à l'esprit qu'au début du XXe siècle c'est ce moyen de locomotion qui permettait les déplacements, et quasiment uniquement ce moyen, d'où son importance.
Développement de la station de ski
C'est en 1969 qui fut créée la station de sports d'hiver de Bolquère. Appelée Pyrénées 2000 (A une époque où une telle appellation était porteur d'une vision futuriste...) elle ne contenait qu'un télésiège, celui du Belvédère. En 1971 fut installé le premier téléski, complété par d'autres l'année suivante. En 1976 ce sont les canons à neige qui font leurs apparitions à Pyrénées 2000, ils furent automatisés en 1990. Enfin en 1992, puis 1993 eut lieu la fameuse fusion entre Pyrénées 2000 et Font-Romeu. Une telle fusion eut lieu aussi dans le Cambre d'Aze, plus au Sud, entre les stations de St Pierre dels Forcats et Eyne. Ca n'a rien à voir, mais c'est histoire de dire qu'il n'était pas exceptionnel de fusionner deux stations de ski par ici.