La première mention de « Villa de Védatio », qui signifie ferme de Védas, apparaît dans les actes du cartulaire de Maguelone dès le xie siècle. Cela peut expliquer la prononciation actuelle du nom de la commune : en effet le « s » final de « Védas » doit se prononcer.
Le territoire actuel de la commune fut administré jusqu'à la Révolution française, par deux juridictions : celle de Saint-Jean-de-Védas et celle du Terral. Le domaine du Terral étant la propriété des évêques de Maguelone depuis le ixe siècle.
Jusqu'au xviiie siècle, la vie économique était alors essentiellement tournée vers l'agriculture, puis vers 1500, l'exploitation de carrières de pierres permit une seconde source de revenus non négligeable. La pierre calcaire de Saint-Jean-de-Védas était très
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La première mention de « Villa de Védatio », qui signifie ferme de Védas, apparaît dans les actes du cartulaire de Maguelone dès le xie siècle. Cela peut expliquer la prononciation actuelle du nom de la commune : en effet le « s » final de « Védas » doit se prononcer.
Le territoire actuel de la commune fut administré jusqu'à la Révolution française, par deux juridictions : celle de Saint-Jean-de-Védas et celle du Terral. Le domaine du Terral étant la propriété des évêques de Maguelone depuis le ixe siècle.
Jusqu'au xviiie siècle, la vie économique était alors essentiellement tournée vers l'agriculture, puis vers 1500, l'exploitation de carrières de pierres permit une seconde source de revenus non négligeable. La pierre calcaire de Saint-Jean-de-Védas était très réputée et a connu une grande renommée jusqu'à la fin du xixe siècle et servira à bâtir de nombreux immeubles et bâtiments dans le centre de Montpellier.
Lors de la Révolution française, les citoyens de la commune se réunissent au sein de la société révolutionnaire, en l’an II.
Au cours du xixe siècle, la commune va progressivement s'équiper et se doter de services publics. L'ancienne église d'origine romane, dans un mauvais état général, va bénéficier de travaux d'agrandissements et d'embellissements et sera également dotée d'un nouveau clocher en 1840. Avec l'arrivée du chemin de fer en 1869 et la ligne de Paulhan à Montpellier la commune bénéficie de l'implantation d'une gare (la ligne est fermée au trafic voyageur en 1970). À la fin du xixe siècle, est décidée la construction d'une nouvelle mairie et d'une nouvelle école, le nouveau bâtiment sera inauguré en 1904, c'est toujours le bâtiment de la mairie aujourd'hui. L'école était située auparavant dans l'ancien château de Saint-Jean qui abritait également la mairie. Le bâtiment du château, très dégradé, a été détruit entre 1905 et 1906 pour laisser place au parvis de l'église (c'est l'actuelle place Victor Hugo). L'électricité fait son apparition dans le village dès 1909 et ce n'est qu'en 1934 que toutes les habitations seront reliées au réseau électrique.
Les deux guerres mondiales n'épargnent pas Saint-Jean et le tribut payé est de 21 morts pour la première et 9 pour la seconde. Lors de cette dernière, les Allemands occupent la commune et s'installent dans les châteaux du Claud et de la Lauze. Le château de la Lauze fut bombardé par les Allemands à la Libération, les ruines détruites ont été dégagées par la suite.
Essentiellement rurale jusqu'à la Seconde Guerre mondiale (environ 1 000 habitants en 1950), la commune commença à se développer fortement dès le début des années 1950, grâce à sa proximité de la ville de Montpellier. L'arrivée des rapatriés d'Algérie en 1962 va entraîner un véritable boom économico-social. L'agriculture va fortement diminuer pour laisser la place à de nouvelles activités de type industriel, artisanal ou tertiaire. Saint-Jean-de-Védas va profiter du développement de Montpellier pour en devenir une des principales banlieues résidentielles et s'urbaniser rapidement.
Fin 1967, est inaugurée à Saint-Jean-de-Védas l'arrivée de la nouvelle autoroute A9 dotée d'une sortie sur la commune ainsi que d'une grande barrière de péage ; puis en 1990, l'arrivée de l'hypermarché Carrefour et de la zone commerciale de « La Condamine » va renforcer et dynamiser l'économie locale.
Essentiellement pavillonnaire durant les années 1960 à 1980 avec l'expansion et la création des quartiers comme « Saint-Jean-le-Sec », « les Roudères »,« les Près », « Lou Planas », « La Fermaude » ou la « Marquerose », l'habitat nouveau va se diversifier et se densifier dans les années 1990 avec la construction de petits immeubles collectifs dont la création du nouveau quartier de l'« Ortet » et plus récemment avec la création du nouveau quartier de « Roque-Fraïsse ».
Fin des années 2010, la densification urbaine de la commune, la poussée démographique s'accompagnent, comme ailleurs, d'un développement de la petite délinquance ; une chambre de culture de cannabis a ainsi été trouvée dans la commune en 2020. Le péage autoroutier situé sur la commune est également un point de passage des go fast : ainsi en 2015, « deux véhicules alimentant un trafic de stupéfiants entre l'Espagne et la France ont été interceptés [...] par la police judiciaire de Toulon ». Toujours sur la commune, deux trafiquants sont arrêtés en 2018.
En 2019, la cave coopérative « La Védasienne » est détruite pour laisser la place à des immeubles d'habitation. Cette dernière a été construite en 1948 avec la participation de 30 viticulteurs pour un bâtiment de plus de 1 000 m2 et pouvant contenir 45 000 hl de vin. Une annexe jouxtant la construction principale et pouvant accueillir 5 000 hl est bâtie par la suite.
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