En catalan, le nom de la commune est Fontpedrosa. Il signifie en français, fontaine pierreuse ou pétrifiante.
La commune de Prats-Saint-Thomas est rattachée à celle de Fontpédrouse le 26 juin 1822.
Une partie des hameaux de Prats-Saint-Thomas est victime de glissements de terrain à la suite d'importantes précipitations en décembre 1932.
La commune connaît un regain d'activité depuis la rénovation de ses thermes, les bains de Saint-Thomas, en 1993, où l'eau sulfureuse peut atteindre 58 °C, l'une des plus chaudes sources naturelles des Pyrénées.
Fontpédrouse possède une école primaire publique, située au bourg. Après une période de fermeture, l'école a été rouverte et elle accueille en 2012 moins d'une dizaine d'élèves, répartis entre maternelle et CM2, dans une classe unique.
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