Le nom de St Hippolyte apparaît pour la première fois dans un document du Xe siècle, après la reconquête du Roussillon sur les Sarrasins en 811 par Charlemagne et la christianisation de la région. Le village dépendait du comté du Roussillon et donc du royaume d'Aragon durant le haut Moyen-âge. Situé proche de la frontière (qui était à Salses, frontière établie officiellement en 1258), St Hippolyte fut convoité par les rois eux-mêmes. Alphonse d'Aragon décide de faire fortifier le village au XIe siècle, et le château, doté de quatre tours dont deux sont toujours dressées à l'heure actuelle, devient la propriété du roi Jacques 1er au XIIe siècle.
Pendant le XIIIe siècle Pons de Vernet, qui à ce moment possédait la seigneurie de St Hippolyte vendit successivement plusieurs terrains et bâtiments à la commanderie Templière du Mas Deu. A sa mort en 1211 il lui légua aussi le château et tous les biens qu'il y possédait. C'est ainsi que le village passa sous la coupe de l'ordre du Temple. Déjà présent auparavant, les templiers créèrent un hôpital dans le village en 1190 qui perdurera jusqu'au XVIIe siècle. Le village fut une possession complète des templiers jusqu'à Philippe IV, qui ordonna la suppression de l'ordre. Il passa ensuite à l'ordre de St Jean de Jérusalem, qui éparpillèrent en partie leurs biens.
Le XVIe siècle est marqué par la guerre franco-espagnole, qui eut de lourdes conséquences sur les villages du Roussillon. En 1542 les français, attaquant la Salanque, détruisirent une grande partie des maisons. Le fort, les murailles et l'église sont également largement touchés.
Au XVIe, le château devient une propriété de la puissante famille d'Oms. En 1565 la marquise d'Oms y séjourne régulièrement, et en 1633, il est habité par Jeanne de Vilaplane, femme du marquis d'Oms, de Foix et de Béarn. Au XVIIIe, divers documents nous indiquent que le château est la propriété du marquis d'Oms. A partir du XIXe siècle, il est vendu par petit bout, puis on le retrouve en 1863 lors de son acquisition par André Guiter, menuisier et ébéniste, qui achète en même temps le moulin à huile. Enfin à la fin du XIXe, le reste du château est vendu à la famille Sisqueille.
De nos jours, le château est devenu une propriété communale, et bientôt transformé en musée.
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